SAMAKs høyeste organ er Arbeiderkongressen. Arbeiderkongressen er hvert tredje år.
SAMAKs årsmøte gjennomføres vanligvis i januar.
Årsmøtet velger SAMAKs leder for ett år om gangen.
SAMAKs styre leder SAMAK mellom årsmøtene. Styret består av partisekretærer og representanter for ledelsen i fagbevegelsen og møtes fem-seks ganger årlig. Styrearbeidet støttes av en rådgivergruppe.
Generalsekretæren leder SAMAKs sekretariat.
SAMAK har to faste grupper, EU/EØS-gruppen og Utenriks- og sikkerhetspolitisk gruppe. Andre arbeidsgrupper oppnevnes etter behov.